PageDefrag dari System Internals bisa mendefrag file yang umumnya tidak bisa diakses sama sekali saat Windows berjalan. File hibernation, pagefile, registry, dan log bisa terpencar jadi puluhan bagian kalau partisi Windows sudah hampir penuh, dan hanya bisa diakses saat Windows booting. Setelah defragmentasi, file-file tersebut idealnya menjadi 1 bagian (kalau partisi memang terlalu penuh, file hibernation dan pagefile kadang masih terdiri dari beberapa bagian). Dan pada keadaan ini, file-file tersebut beroperasi seoptimal saat mereka baru dibentuk… kecuali registry.

Sementara file hibernasi dan pagefile isinya akan diabaikan pada setiap restart (tidak dihapus, terlalu memakan waktu), dan file log ditulisi secara sekuensial (ditambahkan di akhir file), file registry adalah file database, yang bisa berubah di awal, tengah, dan akhir, dalam penambahan, penghapusan ataupun penggantian. Kebanyakan aplikasi database biasanya menawarkan fungsi optimasi database, yang basically defragmentasi, tapi pada level di dalam file database. Registry di Windows secara built-in tidak menawarkan cara untuk ini, sehingga bisa saja filenya berukuran 60 mega, dengan data hanya 30 mega. Karena registry selalu diload dalam memori, ruang tak terpakai ini jelas hanya memperlambat komputer.

Registry bisa “didefrag” dengan membaca semua data dari registry secara berurut (data didalam tidak terurut setelah berbagai perubahan), menulisnya ke sebuah file database baru, dan mengganti file registry lama dengan file baru tersebut. Metode ini mengharuskan proses pembacaan data dari registry dilakukan saat aplikasi lain tidak menulis data ke registry (karena setelah defragmentasi perubahan itu tidak tersimpan), dan penggantian file registry dilakukan saat boot (karena file registry selalu dikunci aksesnya oleh Windows). TuneUp Utilities menawarkan fungsi ini, demikian juga berbagai aplikasi registry defragmenter di luar sana (cirinya, mereka meminta saat proses defragmentasi semua aplikasi ditutup, dan harus restart setelahnya). Salah satu yang gratis, TweakNow PowerPack, kumpulan utilities seperti TuneUp, diproduksi anak negeri sendiri, dan support Windows 7 (ketemunya dari referensi situs luar, baru sadar kalau mereka dari Indonesia saat prompt UAC yang menyebutkan nama perusahaan signernya).